Após várias sugestões feitas pela assembleia de fieis, a que se destacou foi Santo Antônio, denominação essa que foi escolhida pela maioria dos fieis por causa da irrevogável fama de evangelizador que acompanha o santo.

Com a necessidade de ter um local de referência para celebrações e demais eventos da comunidade, foi escolhido o local onde hoje se situa o cruzeiro da igreja, que foi erguido no ano de 1991 e é preservado até os dias de hoje. Nesse mesmo ano, foi criado o Grupo de Jovens JUPAC (Jovens Unidos Pelo Amor de Cristo), que se destacou como um dos grupos de grande expressão na comunidade e com forte vida missionária, contribuindo para a formação de futuras comunidades na região e de outros grupos de jovens.

Em janeiro de 1992, a Congregação das Irmãs de Nossa Senhora (Notre Dame) iniciou sua missão no bairro. As primeiras missionárias a se instalarem foram as Irmãs Silvana, Thereza e Dionísia.. Com a motivação das irmãs e a presença dos missionários padres redentoristas, a comunidade ficou ainda mais incentivada na vida comunitária e na vivência da fé. Nesse período, antes mesmo da comunidade se tornar paróquia, já se iniciavam os encontros formativos, as atividades pastorais e a fundação de diversos movimentos. Muitas conquistas do bairro e da comunidade foram alcançadas por meio da mobilização das lideranças da Comunidade Santo Antônio.

Com a chegada constante de pessoas no bairro, surgiu a necessidade de formar outras comunidades em áreas mais afastadas. Todas as novas comunidades surgiram a partir de grupos de famílias que já atuavam nessas áreas. Assim, foram criadas as seguintes comunidades: Nossa Senhora de Guadalupe (1993), Nossa Senhora da Guia (1993), Santa Júlia Billiart (1996), Santa Luzia (2000), São Miguel (2007), Sagrada Família (2007) e Santo Estêvão (2011). Vale ressaltar que as duas últimas comunidades mencionadas tiveram suas atividades encerradas.

Em 1995, foram realizadas na comunidade as Santas Missões Populares, um evento que marcou intensamente a comunidade e representou um forte momento de vivência da dimensão missionária. Um ano depois, em 1996, foi fundada a Arquidiocese de Palmas, e a comunidade passou a integrar a recém-criada Paróquia Nossa Senhora Aparecida, em Taquaralto.

No ano de 2001, a comunidade intensificou sua preparação, por meio de novenas, para a elevação de Comunidade à condição de Paróquia, bem como para a acolhida de seu primeiro pároco, padre Marcus Paulo Alves Silva. A criação da paróquia foi oficialmente estabelecida pelo Decreto nº 001/2002, registro nº 18/2002, assinado pelo então arcebispo Dom Alberto Taveira Corrêa.

Assim, no dia 17 de fevereiro de 2002, foi celebrada a Santa Missa de fundação da paróquia, ocasião marcada por profunda alegria e participação de toda a comunidade. Inicialmente, a Paróquia Santo Antônio abrangia não apenas as comunidades do Aureny III, mas também as dos bairros Aureny I, II e IV. Com o crescimento pastoral e urbano da região, posteriormente foram instituídas novas paróquias nesses bairros.

Em 2023, após 21 anos de fundação, ocorreram alterações significativas na história da Paróquia Santo Antônio. Em março de 2023, houve o desmembramento de parte do território que pertencia à Paróquia Santo Antônio, formando a nova Área Pastoral Missionária São José de Anchieta. No mesmo ano, em junho, o nome da paróquia foi alterado de Paróquia Santo Antônio para Santo Antônio de Lisboa. Essa mudança atendeu a um pedido da comunidade paroquial, com o objetivo de facilitar a identificação da paróquia, uma vez que já existia outra Paróquia Santo Antônio em Palmas. Também em junho, no dia 11, foi concedido o direito real de uso do território da matriz paroquial por um período de 20 anos.

Foram párocos da Paróquia Santo Antônio de Lisboa: Pe. Marcus Paulo Alves Silva (2002-2006), Pe. Mariano Sousa Sobrinho (2006-2008), Pe. Paulo Cristiano Luiz Frade (2009-2013), Pe. Edionilson Batista (2014-2020) e Pe. Carlos Adriano Sales Fernandes (2020-atualmente).

Este é um breve resumo de uma bela história construída por muitas mãos e corações dedicados ao trabalho de evangelização e à construção do Reino de Deus, história que possibilitou e continua possibilitando tornar Jesus Cristo conhecido, amado e seguido por muitas pessoas.